根據(jù)農(nóng)業(yè)部土壤有機(jī)質(zhì)提升項(xiàng)目實(shí)施指導(dǎo)意見的要求，為進(jìn)一步鞏固商品有機(jī)肥推廣成果，引導(dǎo)農(nóng)民科學(xué)用肥，提高耕地質(zhì)量，就生產(chǎn)有機(jī)肥推廣實(shí)施補(bǔ)貼政策,引導(dǎo)農(nóng)民逐步增施有機(jī)肥，政策補(bǔ)貼無疑是一個(gè)重要的突破口。從2004年上海開始實(shí)施有機(jī)肥政策補(bǔ)貼，江蘇、山東等地也陸陸續(xù)續(xù)開始實(shí)行有機(jī)肥的補(bǔ)貼政策。補(bǔ)貼政策推動了有機(jī)肥的發(fā)展。
《中華人民共和國企業(yè)所得稅法》第二十七條第三款規(guī)定：企業(yè)從事符合條件的環(huán)境保護(hù)、節(jié)能節(jié)水項(xiàng)目的所得，可以免征、減征企業(yè)所得稅�！吨腥A人民共和國企業(yè)所得稅法實(shí)施條例》第八十八條規(guī)定：企業(yè)所得稅法第二十七條第（三）項(xiàng)所稱符合條件的環(huán)境保護(hù)、節(jié)能節(jié)水項(xiàng)目，包括公共污水處理、公共垃圾處理、沼氣綜合開發(fā)利用、節(jié)能減排技術(shù)改造、海水淡化等。項(xiàng)目的具體條件和范圍由國務(wù)院財(cái)政、稅務(wù)主管部門商國務(wù)院有關(guān)部門制訂，報(bào)國務(wù)院批準(zhǔn)后公布施行。企業(yè)從事前款規(guī)定的符合條件的環(huán)境保護(hù)、節(jié)能節(jié)水項(xiàng)目的所得，自項(xiàng)目取得第一筆生產(chǎn)經(jīng)營收入所屬納稅年度起，第一年至第三年免征企業(yè)所得稅，第四年至第六年減半征收企業(yè)所得稅（三免三減半）。實(shí)施條例第八十九條規(guī)定：依照本條例第八十八條規(guī)定享受減免稅優(yōu)惠的項(xiàng)目，在減免稅期限內(nèi)轉(zhuǎn)讓的，受讓方自受讓之日起，可以在剩余期限內(nèi)享受規(guī)定的減免稅優(yōu)惠；減免稅期限屆滿后轉(zhuǎn)讓的，受讓方不得就該項(xiàng)目重復(fù)享受減免稅優(yōu)惠。
國家對生物有機(jī)肥行業(yè)的最新政策。有機(jī)肥設(shè)備，有機(jī)肥生產(chǎn)線，有機(jī)肥造粒機(jī)，有機(jī)肥生產(chǎn)設(shè)備。國家層面早在十年前就啟動了以增加土壤有機(jī)質(zhì)為重點(diǎn)的“沃土工程”，此后有機(jī)肥作為“十一五”重點(diǎn)扶植的肥料品種之一越來越受到黨中央的重視，近年來，“中央1號”文件多次提出“鼓勵(lì)農(nóng)民增施有機(jī)肥”。然而，目前還沒有國家層面針對有機(jī)肥的補(bǔ)貼，化肥行業(yè)享有的能源價(jià)格、用電、鐵路運(yùn)輸?shù)葍?yōu)惠政策卻把有機(jī)肥拒之門外（2006年起有機(jī)肥免受增值稅），有機(jī)肥的運(yùn)輸價(jià)格比化肥要高一倍，只有部分省市開展了有機(jī)肥補(bǔ)貼。
最早開展有機(jī)肥補(bǔ)貼的是上海市，有機(jī)肥設(shè)備，有機(jī)肥生產(chǎn)線，有機(jī)肥造粒機(jī)，有機(jī)肥生產(chǎn)設(shè)備。從2004年試點(diǎn)統(tǒng)一采購1.5萬噸有機(jī)肥，此后推廣數(shù)量逐年增加，2009年達(dá)到16萬噸，2004-2008年有機(jī)肥市場指導(dǎo)價(jià)為400元/噸，市財(cái)政補(bǔ)貼標(biāo)準(zhǔn)時(shí)250元/噸，各縣區(qū)增加50-100元/噸的補(bǔ)貼，有關(guān)鄉(xiāng)鎮(zhèn)在此基礎(chǔ)上再給予補(bǔ)貼，2009-2011年的補(bǔ)貼額度為200元/噸。江蘇省2006年開始補(bǔ)貼，每噸由省財(cái)政補(bǔ)貼150元，市財(cái)政補(bǔ)貼50元；北京在2007年開始實(shí)施補(bǔ)貼政策，每噸補(bǔ)貼250元，山東省有機(jī)肥補(bǔ)貼于2008年起步，每噸補(bǔ)貼300元。北京有機(jī)肥示范推廣主要針對種植大戶和專業(yè)合作社（生態(tài)農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)基地），正是有了補(bǔ)貼他們才開始大面積使用有機(jī)肥，進(jìn)而帶動周邊小農(nóng)戶使用有機(jī)肥。
山土地揭陽土地昆明土地綏化土地長沙土地四平土地陜西土地呼倫貝爾土地晉中土地牡丹江土地錦州土地保定土地黃岡土地大慶土地東莞土地畢節(jié)土地巴中土地清遠(yuǎn)土地蘇州土地德州土地重慶土地
國土資源局環(huán)境保護(hù)局社會保障局農(nóng)業(yè)局林業(yè)局財(cái)政局物價(jià)局質(zhì)量技術(shù)監(jiān)督局住房和城鄉(xiāng)建設(shè)局安全生產(chǎn)監(jiān)督管理局規(guī)劃管理局科學(xué)技術(shù)局種子管理局糧食局畜牧局水務(wù)局稅務(wù)局房屋產(chǎn)權(quán)管理局農(nóng)業(yè)和機(jī)械管理局食品藥品監(jiān)督管理局